La loi prévoit le transfert de compétence transport des départements vers les régions à compter de 2017. Ce transfert entraînera la substitution de la région au département dans tous ses droits et obligations. Ainsi, la région se substituera en 2017 au département dans les contrats en cours passés par ce dernier (DSP, marchés publics, conventions financières). De même, la région se substituera au département comme membre des régies de transport et des établissements publics, tels que les syndicats mixtes, dont le département était membre en tant qu’AOT. Sur le plan pratique, la substitution entraînera la nécessité pour la région de désigner ses représentants dans les instances des structures dont elle sera devenue membre.
En vertu de l’article L.1111-8 du CGCT, de portée générale, la région pourra déléguer tout ou partie de sa compétence d’organisation des transports interurbains à une autre collectivité territoriale (département ou commune) ou à un EPCI. S’agissant des transports scolaires, ce sont toutefois les dispositions particulières de l’article L. 3111-9 du code des transports qui s’appliqueront. Ainsi, la région pourra déléguer tout ou partie de sa compétence à une liste assez large d’entités (collectivités territoriales, associations de parents d’élèves, etc.).
Il convient enfin de noter que la loi NOTRe a mis en place un double mécanisme de compensation financière du transfert de la compétence transport selon que l’autorité qui prendra la suite du département pour l’organisation des lignes interurbaines sera la région ou une AOM. Dans le premier cas, celui du transfert des lignes interurbaines au profit d’une région, la compensation financière, accompagnant le transfert de la compétence, sera intégrale. Dans la seconde hypothèse, la compensation financière au profit des AOM pourra être minorée du seul fait qu’une AOM peut instaurer et prélever du versement transport sur son territoire pour financer les anciennes lignes interurbaines, là où le département, et demain la région, n’avait pas ce levier financier à sa disposition.